Scénář „S projektem“ navrhuje různé varianty opatření pro dosažení požadovaných cílů projektu a odstranění nedostatků současného stavu i nedostatků budoucích, zjištěných ve scénáři „Bez projektu“. Variant opatření je mnoho druhů. Může jít o provozní opatření, tedy různé vedení, intervaly, propojování či dělení linek, nebo o různé typy drážních vozidel. Může jít o technologická infrastrukturní opatření, například zkrácení intervalu mezi vlaky nasazením jiného zabezpečovacího zařízení. A konečně může jít o stavební infrastrukturní opatření, přestavbu či novostavbu tratí a staničních kolejišť.

Nové železniční tratě pod centrem města jsou hlavním tématem studie, nicméně v rozsáhlé řešené oblasti pražského uzlu se uplatní opatření všech druhů v mnoha variantách. Pro zvládnutí vysokého počtu kombinací je práce s variantami rozdělena do tří kroků, postupujících od velkého počtu velmi zjednodušeně popsaných, takzvaných teoretických variant, k malému počtu podrobněji propracovaných řešení.

Teoretické varianty představují různé možnosti řešení v určité oblasti. Sledují se tři základní koncepční varianty: podzemní tratě pro vlaky osobní regionální dopravy, pro dálkové vlaky a pro vlaky vysokorychlostní s vedením trasy přes letiště.