Správa železnic a fondy EU
Do roku 2002 byly pro modernizaci železniční dopravní sítě využívány předvstupní fondy Phare a Phare CBC. Konečným příjemcem pomoci byly České dráhy, státní organizace. V období 2003–2004 Správa železnic pokračovala v realizaci velkých železničních projektů mezinárodního významu spolufinancovaných z předvstupního finančního nástroje ISPA, jejichž příprava byla zahájena již ze strany ČD s.o., zároveň začala s přípravou a realizací projektů nových. Po vstupu České republiky do EU pokračovalo spolufinancování těchto projektů z Fondu soudržnosti.
Období 2004–2006
Vstup do EU umožnil Správě železnic v letech 2004–2006 čerpat podporu z Fondu evropského regionálního rozvoje (ERDF) pro modernizaci tratí celostátního a evropského významu a také z Programu TEN–T, který byl určen pro rozvoj transevropské dopravní sítě. Program TEN–T využívala Správa železnic hlavně pro spolufinancování přípravných a projektových dokumentací železničních staveb.
Období 2007–2013
V následujícím programovém období 2007–2013 pokračovala Správa železnic v úsilí získávat prostředky pro financování projektů především z Fondu soudržnosti, zejména prostřednictvím Operačního programu Doprava a Operačního programu Životní prostředí. Menší skupinu tvořily projekty financované z Evropského fondu pro regionální rozvoj a z Evropského sociálního fondu. Jednalo se o projekty přeshraniční spolupráce realizované v rámci Operačních programů ČR – Bavorsko, ČR – Sasko a ČR – Polsko a projekty podpořené z Operačního programu Praha Adaptabilita. Nadále pokračovalo spolufinancování projektů z programu TEN–T.
Období 2014–2020
V aktuálním programovém období 2014–2020 používá Správa železnic jako nástroj pro financování svých projektů především Fond soudržnosti, a to prostřednictvím Operačního programu Doprava, dále pak ve velké míře také Program CEF (nástroj pro propojení Evropy – Connecting Europe Facility), který je nástupcem programu TEN–T. Z Integrovaného regionálního operačního programu získala Správa železnic prostředky ke spolufinancování pro jeden projekt a průběžně prověřuje možnost využití i jiných operačních programů.